いろいろ実装してみたのですが、やっと解決しました。
どうもjQueryMobileのみでアプリを構築していたのがまずかったようです。
monacaのloader.jsを読み込んでcordovaを使用可能にしていないとwindow.openも上かぶせされていないみたいでした。
loader.jsを読み込んで以下のようにコードを組んだら動きました。
コードはちょっとjQueryに寄せています。
<pre>// 広告をタップするアプリが動作しているブラウザでリンク先を開いてしまうことがあるので、 // アプリ内ブラウザを立ち上げてnend広告を表示するように変更する。 // monaca loader.jsが必須(phoneGapが必要) window.addEventListener('load', function() { $("#ad").find("a").each(function(){ var href = $(this).attr("href"); $("#ad").find("a").attr("href", "#") .click(function(){window.open(href, '_blank', 'location=yes')}); }); });